Les États-Unis possèdent une présence militaire dans deux pays sur trois à travers le monde. Un groupe d’états rebelles a décidé d'en finir avec cela en instaurant un ultimatum - la Blacklist : un terrible compte à rebours annonçant une escalade d'attaques terroristes contre les intérêts américains. Des millions de vies sont en jeu et seul Échelon 4 est capable de les stopper.

Dirigée par Sam Fisher, le meilleur des agents secrets, cette nouvelle unité clandestine ne se rapporte qu’au Président des États-Unis. Au-dessus des lois et disposant des technologies les plus avancées, Sam et son équipe doivent par tous les moyens retrouver les terroristes et arrêter le compte à rebours avant qu’il ne soit trop tard.