Nous sommes en 1964 et c'est la guerre froide. Les États-Unis ont des informations comme quoi La Russie serait en train de développer un nouveau type d'arme nucléaire. Naked Snake, c'est le nom de code de l'agent que les U.S.A. envoient en mission secrète en pleine jungle russe pour récupérer le scientifique qui est en charge de ce projet d'arme nucléaire. Une mission d'infiltration commence pour Snake...