Dans cette nouvelle partie vous devrez tout d'abord combattre une nouvelle fois votre rival puis gagner un nouveau badge : Eclair. Arriverez alors une longue traversée du désert où vous devrez plusieurs fois utiliser votre attaque brise-roche vous permettant d'évoluer dans le niveau jusqu'à arriver sur un champ d’astéroïde où vous en apprendrez un peu plus sur la Team Magma et Aqua. Vous finirez alors votre parcours sur le Mont Chimnée.