Já faz seis meses desde a destruição de Sigma e pouco mudou. A revolta Irregular iniciada por Sigma acabou, mas X e a nova geração de Irregular Hunters ainda precisam destruir todos os seguidores de Sigma. Guiados por informações obtidas pelo Dr. Cain, X e o resto dos Hunters tem rastreado os últimos dos Irregulars para uma fábrica abandonada. Lá eles esperam acabar com os últimos da resistência. Poucos deles suspeitam que uma verdadeira guerra está prestes a começar...
E assim começa Rockman X2.

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