Snake découvre que ses informateurs au sein de l'armée US sont en fait une équipe dirigée par Meryl Silverburgh, la "nièce" mais en réalité fille de Roy Campbell.

Il fait également la connaissance des autres membres de l'équipe: Ed, l'homme-radio et sniper; Jonathan aka "Sleeping Giant" et enfin, Johnny "Akiba" Sasaki, un personnage emblématique de la saga.