Due anni dopo aver lottato e vinto per salvare l'umanità dall'annientamento, Cloud si è rifatto una vita nella città di Midgar, completamente ricostruita dal nulla. Oggi dirige una ditta di consegne e il suo mondo, ormai, è costituito da un gruppo di ragazzini rimasti orfani durante la battaglia contro Sephiroth. Tutti quelli che amava non ci sono più e le ferite che si porta nel cuore sono difficili da rimarginare: ci vuole tempo e tanta serenità. Però Cloud dovrà scuotersi dal suo torpore e aiutare i suoi amici orfani, vessati e oppressi dal perfido Kadaj e dalla sua banda. Lo scontro sembra inevitabile, anche se Cloud vorrebbe evitare la battaglia che sarà decisiva.