Qual a melhor entre AUTOEXEC e CFG PERSONALIZADA? Existe diferença entre elas e qual a função de cada uma?

Entenda esses questionamento e aprenda de uma vez por todas o que e quando usar cada uma, pode ser que isso lhe resolva aquele bug que não carrega os comandos ou algo que parece estranho e não funciona como você achou que seria, creio que isso poderá lhe ajudar nesse sentido também.

AUTOEXEC não precisa de comando para ser executada, ela é executada na inicialização do CSGO e sobrepõem quaisquer mudanças sobre o jogo.
CFG personalizada pode ser adicionada na inicialização mas também pode ser facilmente carregada com o jogo aberto, esta tem uma função mais abrangente de poder carregar uma sequência de comandos prévios escolhidos, um bom exemplo é a CFG de treino que configura um mapa de bots para você.

Elas somente sobrepõem as configurações do CSGO (na inicialização) quando eles diferem do original, caso você os remova é provável que o Counter Strike, por segurança, os traga de volta.