Ghost Dog vit au-dessus du monde, au milieu d'une volée d'oiseaux, dans une cabane sur le toit d'un immeuble abandonné. Guidé par les mots d'un ancien texte samouraï, Ghost Dog est un tueur professionnel qui se fond dans la nuit et se glisse dans la ville sans qu'on le remarque. Quand son code moral est trahi par le dysfonctionnement d'une famille mafieuse qui l'emploie à l'occasion, il réagit strictement selon la Voie du Samouraï.