Morten, 10 ans, est un garçon rêveur qui passe son temps à fabriquer un bateau miniature et à essayer d'éviter la colère de sa tutrice forcée, l'amère et très seule Annabelle. son père, le capitaine Viks, qui prend souvent la mer, lui manque beaucoup. Morten veut devenir capitaine, comme lui. Il rencontre le Senór Cucaracha, un magicien pas très futé qui l'ensorcèle. Morten rapetisse et se retrouve coincé sur le pont de son propre bateau miniature. Mais il doit composer avec la vilaine Reine des Araignées et le Pirate Scorpion également à bord...