Le jeu démarre lorsque 47 est réveillé en sursaut par une voix familière qui s'adresse à lui à travers un système de hauts-parleurs. Frappé d'amnésie et enfermé dans une chambre capitonnée, 47 ne sait pas qui il est ni où il est. Après avoir déverrouillé sa cellule, la voix guide 47 pour l'aider à s'évader du mystérieux bâtiment. Pendant son évasion, encouragé par la voix, 47 s'aperçoit vite de ses talents de tueur en éliminant froidement tous les gardes sur son passage.

Dans l'année qui suit, 47 entre en tant que tueur à gages au service de l'ICA, une mystérieuse agence de mercenaires. Briefé à distance par Diana Burnwood, son seul contact avec l'ICA, 47 accomplit une série de contrats dans le monde pour éliminer plusieurs criminels internationaux. Lee Hong, le dirigeant d'une puissante triade hong-kongaise, Pablo Ochoa, un seigneur de la drogue colombien, Frantz Fuchs, un dangereux terroriste autrichien et Boris, alias Arkadij Jegorov, un trafiquant d'armes notoire.