Après en avoir fini avec Forli, nous retournons à Florence pour voir Léonardo da Vincci.
Ce dernier, après avoir améliorer notre équipement nous invitera à rencontrer le célèbre voleur de Florence : La Volpe. Grâce à ce dernier nous pourrons explorer le premier tombeau d'assassin et ainsi assister secrètement à une réunion regroupant des templiers qui projettent d'assassiner Laurent le Magnifique ainsi que son frère julien (pour les incultes, il s'agit là de la famille des Medicis, sous Laurent Florence fut à son apogée dans beaucoup de domaine tel que l'art et la littérature...paradoxalement c'est par cette même famille que Léonard de Vinci sera envoyé en France devant François premier).
Notre but, sera d'empêcher les assassinats de Julien et Laurent, et de réussir l'assassinat de Franscesco di Pazzi. (personnage qui a réellement existé)