Peu après la seconde aventure de Sora, Jiminy Cricket découvrit avec stupeur que l'un des deux livres où il notait toutes ses aventures était entièrement effacé. Encore plus étrange, une phrase surgie de nulle part était désormais lisible.

Leurs tourments s’apaiseront lorsque vous reviendrez.

Pour comprendre ce qui était arrivé au journal, Mickey et ses amis décidèrent de le numériser et d’en extraire les données illisibles. Mais le roi et ses compagnons s’aperçurent que cette version informatisée du journal - ce cybermonde - était envahie d’innombrables bugs.

Désormais tout repose sur la version digitalisée de Sora (D-Sora). Pourra-t-il rétablir l’ordre dans les mondes informatisés et découvrir la signification du mystérieux message ?

Kingdom Hearts Re:coded sera disponible le 14 janvier 2011 sur Nintendo DS.