Storicamente si colloca prima di Deus Ex e Deus Ex: Invisible War, per la precisione nell'anno 2027 (Deus Ex è ambientato nell'anno 2052) quando la tecnologia degli aggiornamenti biomeccanici era ancora agli albori. Il protagonista, Adam Jensen, lavora per un'azienda impegnata in questo tipo di ricerca. Il gioco ha inizio quando la sede centrale subisce un raid militare con l'obiettivo di prendere possesso della nuova tecnologia. Nella fabbrica dove lavora Jensen, ci sarà un attacco terroristico, dove moriranno tutti tranne lui. Lo scopo del gioco sarà riuscire a capire chi, come e perché ha fatto questo. In questo seguito avranno un ruolo fondamentale anche le donne da cui potremmo essere sedotti o traditi a seconda delle azioni che abbiamo commesso in passato. Sarà a volte anche presente un diario del protagonista, che attraverso le pagine e i flashback riuscirà a far luce su questo mistero. È stato confermato che il nome completo del gioco sarà Deus Ex: Human Revolution.