Après une série de cinématique, il est tant de s'en aller à la rencontre de Ishimura, celui qui est en partie derrière tout cela, "l'origine du mal".
Mais sa résidence est très bien gardée, et les combats vont ainsi faire légions. Ce sera aussi l'occasion de ré-rencontrer ce lieutenant-colonel du Mikasa sous un combat qui sera une partie de fil à retordre.