Dans un premier temps, vous devrez refaire les quatre donjons du début du jeu pour tuer une nouvelle fois les Boss : Gohma, Karle Demos, Jay Harla et Gayla. Vous vous retrouverez ensuite en face de la dernière porte de la Tour de Ganon... Tout d’abord vous allez affronter la marionnette de Ganon. Détruisez les cordes situées au plafond à l’aide de votre boomerang. Tirez lui ensuite dessus afin de l’affaiblir. Une fois à terre, il vous faudra lui lancer une flèche de lumière sur sa queue. La marionette va alors se mettre à se déplacer au plafond avant de se jeter sur vous. Regardez l’eau à vos pieds pour ainsi rapidement savoir où l’araignée va tomber et ainsi pouvoir l’attaquer plus rapidement. Une fois la marionette détruite, Ganon s’enfuira avec Zelda...