Iridion 3D est composé de six stages qui vous mèneront tout droit à la base de l'infâme Iridion. Les stages sont assez variés entre eux et permettent d'admirer les superbes graphismes du jeu. Grâce au mode 7, qui décidément fait des merveilles sur GBA, on a droit à une vraie fausse 3D du plus bel effet.